为了解决养猪最难处理也最不容易见到效果的环保问题，从2005年开始，在山东、福建等省兴起了发酵高床养猪设备(有的叫自然养猪法)的新技术，现在，很多省份特别是养猪业发达的地区，也都采用该方法养猪，不过大部分在试验、观察效果。很多从事研究的专家和菌种生产厂家认为垫料可以使用3年，也吸引了一部分规模化大型猪场进行试验研究。
1、原料问题
从环保的角度出发，垫料只要能用1年时间，不要说3年，只要成本适当，很多猪场都会使用。但是，垫料的量是一个问题。每平方米的垫料(80 cm厚)，需要谷壳和锯末各4包(30～35 kg重)左右，因此，原料的需求量非常大。锯末中，根据专家介绍，桉树的锯末由于不利于菌种的生存而不能使用，只能用其他树木的。如果大范围推广该技术，原料(除了谷壳和锯末)的筛选工作比较重要，因为要有足够的量，而谷壳和锯末的量毕竟有限。
我国很多地区要么小麦产量大，要么稻谷产量大，或者玉米生产量大，而这些作物的秸秆作为农副产品多作为肥料或家畜的饲料使用，价值发挥不充分。如果能粉碎后作为重要的一种垫料成分，应该能解决这一问题。即使这些原料降解的速度与锯末比比较快，但如果能用一年时间，不断进行补充，也会节约相当可观的成本。
2、建筑面积问题
根据很多资料和专家的介绍，发酵高床养猪设备密度为1.2～1.5 m2／头，但没有说明是根据整个栏的面积还是垫料床的面积算出来的。如果是整个栏的面积，那么要把水泥地面的部分(吃料台和饮水台，有的还有凉台。大的占总面积的四分之一，小的也有十分之一以上)减去，按垫料面积来分，可能一头猪也就占1m2左右， 作为大猪来说，1m2的垫料每天要分解l.5 kg左右的粪便，还有尿液，应该承受能力达不到，效果也不理想。如果单单是根据垫料面积来算，到大猪的时候，加上饲料台、饮水台，平均每猪占据面积要1.8～2.0 m2，可能在建筑面积方面要增加相当成本，那就不是每个猪场都能承受得了的。
3、夏季降温问题
采用发酵高床养猪，春季、秋季、冬季影响不大，夏季的高温天气影响很大，特别是南方。高床本身蓄积了一定的热量，如果栏内没有凉台，降温措施要做足。
高床养猪的降温措施，有的可以参照普通的、现在经常使用的方法，如水帘降温、负压抽风降温，辅以屋顶喷淋水降温效果更显著；也可以在栏内设置足够的凉台或可以移动的水泥板，感觉热时猪只可以在上面休息。室内喷雾降温时，要注意垫料的湿度，不然菌种发酵会受到影响。
4、翻堆问题
目前做试验的猪栏是小栏，垫料的翻堆以人工翻堆为主，没有机器翻堆。根据网上和相关生产厂家、专家介绍，采用大栏(100 m2以上)饲养时，可以采用机器翻堆。但由于猪的排便都有一个习惯，一头猪在一个地方排泄，其它猪也跟着来，没有分散排泄或划定区域排泄的习惯，即使机器堆，聚集在一起的猪粪总要撒开，集中排泄尿液的地方湿度太大，也要经常撒开，总是离不开人工的。人工翻堆或清粪，一是容易偷懒，二是人力需要量大，根本不可能一个人饲养400～500头猪，一个人的工作量最多300头，不然做不过来，容易积粪。